Čeprav je sakralna stavba preprosto arhitekturno oblikovana, je le na podlagi ohranjenih zgrajenih struktur mogoče sklepati in domnevati, da je najverjetneje najstarejša koprska zgradba. Njena okrogla tlorisna oblika je dobro prepoznavna na najstarejši mestni karti, na načrtu, ki ga je izdelal Giacomo Fino leta 1619 in je imenovana »Rotonda«. Prav tako je v ohranjenem vizitacijskem zapisu apostolskega odposlanca Agostina Valiera iz leta 1580 zapisano, da je stavba bila Marijina cerkev, ki so jo ljudsko imenovali »Retondi«, saj je tedaj še imela okroglo obliko.
Razlog, da je bila centralna stavba zgrajena za krščevanje, kaže v tleh pod obstoječim tlakom še ohranjen bazen za krščevanje, saj naj bi ga našli že leta 1900 med obnovitvenimi deli. Nedvomno so bili ostanki bazena za krščevanje zaznani pod tlakom omenjene Marijine cerkve tudi nedavno s pomočjo nedestruktivne raziskave z georadarjem, opravljene v letu 2021. Nedvomno je bila stavba zgrajena za obred krsta, vendar je za časovno določitev arhitekture pomemben tudi način krščevanja. Kot ugotavljajo strokovnjaki je prelomnico v obredu krščevanja pomenil prehod od krščevanja odraslih h krščevanju otrok, kar naj bi se v Rimu zgodilo v obdobju med 6. in 9. stoletjem. Pri takem obredu so otroka potopili v bazen za krščevanje.
Oblika bazena za krščevanje je bila praviloma šesterokotna, poglobljena za tri stopnice. Kdaj se je opustil krst s potapljanjem ni povsem jasno, zelo verjetno se je v mediteranskem prostoru ohranjal do 14. stoletja. Koper je sodil pod oglejski patriarhat, zato je potekalo krščevanje v skladu z oglejskim obredom. V 8. stoletju je obrednik oglejskega patriarhata dovoljeval opravljati obred krsta vse leto tudi duhovnikom in ne samo škofom, kot je bilo to pred tem.
Po 15. stoletju so otroke krščevali z oblivanjem, zato je bil povsem spremenjen način krščevanja, saj bazen ni bil več potreben. Kljub dosedanjim prizadevanjem, da bi se domneva o prvotnem namenu Marijine rotunde kot krstilnici razjasnila, je morda teza, da je bila postavljena na delu Kopra, kjer je bil v bližini razmeroma dobro urejen dostop do morja, po katerem je potekal vsakodnevni promet. Tako krstilnica ni bila namenjena krščevanju le Koprčanov, temveč so lahko prišli prebivalci tudi od drugod. Vse do leta 1213 naj bi v tej krstilnici krščevali otroke iz Izole, saj do tedaj niso smeli imeti svoje krstilnice.
Strokovnjaki so večinoma mnenja, da je omenjena Marijina cerkev bila sezidana za krščevanje zato bi lahko bila v njeni bližini zgrajena tudi prva krščanska cerkev, morda celo prva koprska stolnica, a še do danes ni bilo mogoče najti te cerkve. Tedaj je veljalo pravilo, da je med krstilnico in cerkvijo pot, ki jo je treba opraviti. Glede na to, da je bila ob koprski stolnici zgrajena še ena krstilnica, posvečena sv. Janezu Krstniku, katerega vzor predstavlja oglejski romanski stolni kompleks, je zelo verjetna domneva, da bi lahko bila Marijina rotunda del starejšega cerkvenega kompleksa. Krstilnico ob koprski stolnici datiramo v 12. stoletje, kar nedvomno kaže, da domnevo o obstoju starejše krstilnice v Kopru potrjuje prav Marijina rotunda.
